Tradicionalmente reconhecida como instituição especializada nas ciências da saúde, a Unifesp é responsável pela formação de recursos humanos qualificados e pelo desenvolvimento da pesquisa científica em saúde. Seu núcleo de origem é a Escola Paulista de Medicina, cuja fundação remonta a 1933 e que se sustentou por meio de recursos privados e subsídios governamentais até a federalização em 1956. Com a promulgação da lei n.º 8.957, em 1994, a EPM transformou-se em universidade federal, mantendo os cursos ministrados nas áreas de Medicina, Enfermagem, Ciências Biológicas (modalidade médica), Fonoaudiologia e Tecnologia Oftálmica - que hoje integra as Tecnologias em Saúde.
O vigoroso crescimento experimentado pela instituição ao longo de décadas refletiu-se tanto na ocupação de mais de uma centena de imóveis no entorno de sua sede, na Vila Clementino (SP), nos quais foram instalados centros de ensino, institutos de pesquisa e ambulatórios, quanto na construção de prédios próprios como os Edifícios de Pesquisa I e II, o Instituto Nacional de Farmacologia e o Hemocentro Regional.
Conduzida por docentes altamente capacitados, a pesquisa em saúde na Unifesp vincula-se à prática profissional, que abrange desde a assistência primária até a utilização de tecnologia de ponta em métodos diagnósticos e no tratamento de doenças. O Hospital São Paulo - reconhecido como o maior hospital universitário do país e referência em procedimentos de alta complexidade - provê aos estudantes de graduação e pós-graduação o exercício da prática clínica e, simultaneamente, presta à população menos favorecida serviços assistenciais custeados pelo Sistema Único de Saúde (SUS).
A partir de 2005, com o apoio das prefeituras locais e os recursos provenientes do programa de expansão do governo federal, a Unifesp implantou novas unidades em municípios próximos a São Paulo. Os novos campi - denominados Baixada Santista, Diadema, Guarulhos, São José dos Campos e Osasco - assumiram a responsabilidade pela organização de áreas do conhecimento que incluem, entre outras, as ciências exatas, humanas, ambientais e sociais aplicadas. No Campus São Paulo estão localizadas a Escola Paulista de Medicina e a Escola Paulista de Enfermagem, que representam o núcleo histórico da instituição.
A caminho da consolidação como universidade plena, a Unifesp ampliou seu quadro docente mediante a admissão de profissionais com titulação mínima de doutorado e passou a oferecer novos cursos de graduação, que se fundamentam em modernos projetos pedagógicos e permitem maior flexibilidade curricular. Para 48 do total de 55 cursos atualmente disponíveis, a forma de ingresso está vinculada ao Sistema de Seleção Unificada (SiSU), que estabelece como critério de aprovação a nota obtida pelo candidato no Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM). Essa medida, que visa a democratizar o acesso ao ensino superior, é complementada pela reserva de 25% (em 2014) das vagas aos candidatos oriundos de escolas públicas e, ainda, pela concessão do auxílio-permanência aos estudantes com maior vulnerabilidade econômica. No plano da internacionalização, a Unifesp - como signatária de importantes convênios de cooperação internacional - promove o intercâmbio de estudantes e docentes e participa de redes colaborativas de pesquisa.
Os programas de pós-graduação stricto sensu - criados a partir de 1970 - formam docentes e pesquisadores com elevado nível de competência técnico-científica, atribuindo-se à Unifesp os maiores índices de produtividade científica por docente, em âmbito nacional.
Entre os inúmeros programas de capacitação de recursos humanos desenvolvidos pela instituição, os cursos de especialização lato sensu - presenciais e a distância - possibilitam a formação continuada de centenas de profissionais nas respectivas especialidades. Os projetos sociais - entre os quais o Projeto Xingu, a Universidade Aberta à Terceira Idade e o Observatório de Políticas Públicas - permitem a interação entre o conhecimento acadêmico e a sociedade, constituindo um importante instrumento de transformação social.
Reafirmando o compromisso com a gestão plural e democrática da universidade, a atual Reitoria (quadriênio 2013-2017) promoveu a reorganização funcional de vários setores com o objetivo de aprimorar os fluxos de trabalho e imprimir maior agilidade aos procedimentos administrativos. Entre as medidas adotadas, descritas no Relatório de Gestão da Reitoria - 2013 (https://www2.unifesp.br/relatoriogestao/arquivos/relatorio-gestao-reitoria-2013), incluem-se a criação do Escritório Técnico de Apoio à Gestão e Assuntos Estratégicos (Etagae), que assessora as pró-reitorias e diretorias de campi em processos de alta complexidade como a licitação de obras; a implantação das câmaras técnicas; a redefinição da política de recursos humanos, associada à estruturação da Pró-Reitoria de Gestão com Pessoas; e a reformulação da política de comunicação institucional mediante a criação de novos órgãos de divulgação e o desenvolvimento de projetos relativos ao portal da Unifesp e à instalação das emissoras de rádio e televisão pelo canal da web.
Em relação aos campi, impunha-se a necessidade de planejar - a médio e a longo prazo - sua expansão e infraestrutura, razão pela qual se optou pela formulação de planos diretores, cujos projetos estão sendo desenvolvidos pela Pró-Reitoria de Planejamento. Com a reorganização interna, esta pró-reitoria passou a acumular novas atribuições, respondendo pelo uso de espaços físicos e gestão de imóveis.
A nova Reitoria aprimorou os mecanismos de interlocução com a comunidade, realizando audiências públicas, plenárias temáticas e visitas aos campi. Buscou a aproximação com representantes dos órgãos de controle e procuradores do Ministério Público Federal, com a finalidade de solucionar as pendências existentes e instruir corretamente os processos administrativos. Por fim, estabeleceu uma nova dinâmica no relacionamento com o governo federal e as prefeituras dos municípios onde estão instalados os campi, visando à consolidação do processo de expansão realizado nos últimos anos.